黄城根小学通州新校区坐落于北京城市副中心职工周转房北区院内，距离行政办公区约两公里，是根据北京城市副中心整体规划部署建设的配套小学，主要服务于周围市直机关员工和村民。工程总建筑面积近3.7万平米、建筑高度24米，主要功能包含普通教室、科学实验室、音美劳教室、风雨操场、游泳馆、饭店等。
远远望去，校园建筑精美的外立面用了铝板和梭形百叶工艺，并以不同色泽进行分割。步入楼内，白色主基调干干净净，配以淡绿色、橙黄色、浅蓝色的墙面，打造出舒适活泼的视觉感，而满眼绿色的屋顶花园，成为孩子们最钟爱的户外活动场合。“在这里上课，感觉特别好。”站在小学一年级四班的教室里，语文老师李盼盼演示了纳米智慧黑板和水溶性粉笔的用法，“擦黑板再也没灰尘了，真的是窗明几净。”
“开学当天，父母和孩子们簇拥在南大门前，特别欣喜，对新校区都非常认可。”黄城根小学通州校区校长刘冬告诉记者，学校里的地板用的是医用级别的抗菌板材和亚麻地面，“铺上去就没味儿。”此外，本着共享共建的原则，校区内的游泳馆、篮球馆、操场都向周围社区开放。
